ISSN: 1859 - 2872
Tối ưu hoá phản ứng real-time PCR phát hiện virus đậu mùa khỉ gây bệnh ở người
Main Article Content
Keywords
Tóm tắt
Mục tiêu: Tối ưu phản ứng real-time PCR phát hiện virus đậu mùa khỉ (Monkeypox virus) với độ nhạy và độ đặc hiệu của kĩ thuật cao. Đối tượng và phương pháp: Mẫu chứng dương DNA plasmid tổng hợp có chứa trình tự virus đậu mùa khỉ được sử dụng trong nghiên cứu này. Ngưỡng phát hiện, độ nhạy kỹ thuật real-time PCR được thực hiện trên mẫu DNA chứng dương pha loãng giảm dần nồng độ từ 106÷100 copies/µL. Mồi và probe sử dụng trình tự tham chiếu theo khuyến cáo của CDC. Độ đặc hiệu của kĩ thuật được đánh giá dựa trên khả năng không bắt chéo với các virus khác. Một phản ứng khuếch đại nội chuẩn để đánh giá hiệu quả tách chiết và kiểm soát chất ức chế của phản ứng real-time PCR. Kết quả: Ngưỡng phát hiện Monkeypox virus DNA là 250 copies/mL. Độ nhạy và độ đặc hiệu của kỹ thuật tương ứng 95%, 100%. Kết luận: Đã thiết lập thành công quy trình real-time PCR phát hiện Monkeypox virus với độ nhạy, độ đặc hiệu kỹ thuật cao trên mẫu chứng dương DNA-plasmid tương đương với quy trình đơn mồi của CDC.
Article Details
Các tài liệu tham khảo
2. Corman VM, Rasche A, Baronti C, Aldabbagh S, Cadar D, Reusken CB, Pas SD, Goorhuis A, Schinkel J, Molenkamp R, Kümmerer BM, Bleicker T, Brünink S, Eschbach-Bludau M, Eis-Hübinger AM, Koopmans MP, Schmidt-Chanasit J, Grobusch MP, de Lamballerie X, Drosten C, Drexler JF (2016) Assay optimization for molecular detection of Zika virus. Bull World Health Organ 94(12): 880-892.
3. Forootan A, Sjöback R, Björkman J, Sjögreen B, Linz L, Kubista M (2017) Methods to determine limit of detection and limit of quantification in quantitative real-time PCR (qPCR). Biomol Detect Quantif 12: 1-6.
4. Johnson G, Nolan T, Bustin SA (2013) Real-time quantitative PCR, pathogen detection and MIQE. Methods Mol Biol 943: 1-16.
5. Li Y, Zhao H, Wilkins K et al (2010) Real-time PCR assays for the specific detection of monkeypox virus West African and Congo Basin strain DNA. J Virol Methods 169(1): 223-227.
6. Luna N, Marina Muñoz, D Katterine Bonilla-Aldana et al (2023) Monkeypox virus (MPXV) genomics: A mutational and phylogenomic analyses of B.1 lineages. Travel Med Infect Dis 52: 102551.
7. Vogels CBF, Brito AF, Wyllie AL, Fauver JR, Ott IM, Kalinich CC, Petrone ME, Casanovas-Massana A, Catherine Muenker M, Moore AJ, Klein J, Lu P, Lu-Culligan A, Jiang X, Kim DJ, Kudo E, Mao T, Moriyama M, Oh JE, Park A, Silva J, Song E, Takahashi T, Taura M, Tokuyama M, Venkataraman A, Weizman OE, Wong P, Yang Y, Cheemarla NR, White EB, Lapidus S, Earnest R, Geng B, Vijayakumar P, Odio C, Fournier J, Bermejo S, Farhadian S, Dela Cruz CS, Iwasaki A, Ko AI, Landry ML, Foxman EF, Grubaugh ND (2020) Analytical sensitivity and efficiency comparisons of SARS-CoV-2 RT-qPCR primer-probe sets. Nat Microbiol 5(10): 1299-1305.
8. Wang SM, Ali UH, Sekaran SD, Thayan R (2016) Detection and Quantification of Chikungunya Virus by Real-Time RT-PCR Assay. Methods Mol Biol 1426: 105-117.
Article Sidebar
