ISSN: 1859 - 2872
Thiết kế in silico mồi và đầu dò cho phản ứng real-time PCR chẩn đoán và định type virus dengue tại Việt Nam
Main Article Content
Keywords
Sốt xuất huyết dengue, virus dengue, real-time PCR, chẩn đoán, định type
Tóm tắt
Mục tiêu: Xây dựng bộ sinh phẩm real-time PCR đa mồi định type virus dengue mang tính cập nhật từ dữ liệu gene virus dengue phân lập trên người bệnh Việt Nam. Đối tượng và phương pháp: Tổng số 1.718 trình tự toàn bộ bộ gen của các chủng virus dengue từ ngân hàng dữ liệu trong giai đoạn từ 2001 đến 2022, trong đó có 639 (37,2%) trình tự toàn bộ bộ gen của các chủng virus dengue thu thập tại Việt Nam được sử dụng. Bằng các công cụ sinh tin học, nhóm nghiên cứu thiết kế in silico các cặp mồi và đầu dò cho phản ứng real-time PCR chẩn đoán và định type virus dengue tại Việt Nam. Kết quả và kết luận: Thiết kế thành công bốn cặp mồi và đầu dò cho chẩn đoán và định type virus dengue với các kích thước gene đích lần lượt là 106bp, 98bp, 156bp, 103bp đặc hiệu cho 4 serotype 1, 2, 3, và 4 của virus dengue.
Article Details
Các tài liệu tham khảo
1. Bhatt S, Gething PW, Brady OJ et al (2013) The global distribution and burden of dengue. Nature 496(7446): 504-507.
2. Hung TM, Clapham HE, Bettis AA et al (2018) The estimates of the health and economic burden of dengue in Vietnam. Trends Parasitol 34(10): 904-918. doi:10.1016/j.pt.2018.07.007.
3. Phadungsombat J, Vu HTT, Nguyen QT et al (2023) Molecular characterization of dengue virus strains from the 2019-2020 epidemic in Hanoi, Vietnam. Microorganisms. 11(5). doi:10.3390/microo rganisms11051267.
4. Dwivedi VD, Tripathi IP, Tripathi RC, Bharadwaj S, Mishra SK (2017) Genomics, proteomics and evolution of dengue virus. Brief Funct Genomics 16(4): 217-227.
5. Costa VG da, Marques-Silva AC, Moreli ML (2014) A meta-analysis of the diagnostic accuracy of two commercial NS1 antigen ELISA tests for early dengue virus detection. PLoS One 9(4): 94655.
6. Centre for Disease Control and Prevention (2013) CDC DENV-1-4 real-time RT-PCR assay for detection and serotype identification of dengue virus the CDC real time RT-PCR assay for dengue diagnosis. CDC. Published online:1-5.
7. Guo C, Zhou Z, Wen Z et al (2017) Global epidemiology of dengue outbreaks in 1990-2015: A systematic review and meta-analysis. Front Cell Infect Microbiol 7: 317.
8. Aguas R, Dorigatti I, Coudeville L, Luxemburger C, Ferguson NM (2019) Cross-serotype interactions and disease outcome prediction of dengue infections in Vietnam. Sci Rep 9(1): 1-12.
9. Hatcher EL, Zhdanov SA, Bao Y et al (2017) Virus Variation Resource - improved response to emergent viral outbreaks. Nucleic Acids Res 45(D1): 482-490. doi:10.1093/nar/gkw1065.
10. Katoh K, Misawa K, Kuma K, Miyata T (2002) MAFFT: A novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Nucleic Acids Res 30(14): 3059-3066.
11. Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 215(3): 403-410. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2.
12. Waterhouse AM, Procter JB, Martin DMA, Clamp M, Barton GJ (2009) Jalview Version 2 a multiple sequence alignment editor and analysis workbench. Bioinformatics. 25(9): 1189-1191. doi:10.1093/bioinformatics/btp033.
13. Koressaar T, Remm M (2007) Enhancements and modifications of primer design program Primer3. Bioinformatics 23(10): 1289-1291. doi:10.1093/bioinformatics/btm091.
14. Ye J, Coulouris G, Zaretskaya I, Cutcutache I, Rozen S, Madden TL (2012) Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics 13: 134. doi: 10.1186/1471-2105-13-134.
15. Owczarzy R, Tataurov A V, Wu Y et al (2008) IDT SciTools: a suite for analysis and design of nucleic acid oligomers. Nucleic Acids Res 36(Web Server issue):W163-169. doi:10.1093/nar/gkn198.
2. Hung TM, Clapham HE, Bettis AA et al (2018) The estimates of the health and economic burden of dengue in Vietnam. Trends Parasitol 34(10): 904-918. doi:10.1016/j.pt.2018.07.007.
3. Phadungsombat J, Vu HTT, Nguyen QT et al (2023) Molecular characterization of dengue virus strains from the 2019-2020 epidemic in Hanoi, Vietnam. Microorganisms. 11(5). doi:10.3390/microo rganisms11051267.
4. Dwivedi VD, Tripathi IP, Tripathi RC, Bharadwaj S, Mishra SK (2017) Genomics, proteomics and evolution of dengue virus. Brief Funct Genomics 16(4): 217-227.
5. Costa VG da, Marques-Silva AC, Moreli ML (2014) A meta-analysis of the diagnostic accuracy of two commercial NS1 antigen ELISA tests for early dengue virus detection. PLoS One 9(4): 94655.
6. Centre for Disease Control and Prevention (2013) CDC DENV-1-4 real-time RT-PCR assay for detection and serotype identification of dengue virus the CDC real time RT-PCR assay for dengue diagnosis. CDC. Published online:1-5.
7. Guo C, Zhou Z, Wen Z et al (2017) Global epidemiology of dengue outbreaks in 1990-2015: A systematic review and meta-analysis. Front Cell Infect Microbiol 7: 317.
8. Aguas R, Dorigatti I, Coudeville L, Luxemburger C, Ferguson NM (2019) Cross-serotype interactions and disease outcome prediction of dengue infections in Vietnam. Sci Rep 9(1): 1-12.
9. Hatcher EL, Zhdanov SA, Bao Y et al (2017) Virus Variation Resource - improved response to emergent viral outbreaks. Nucleic Acids Res 45(D1): 482-490. doi:10.1093/nar/gkw1065.
10. Katoh K, Misawa K, Kuma K, Miyata T (2002) MAFFT: A novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform. Nucleic Acids Res 30(14): 3059-3066.
11. Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 215(3): 403-410. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2.
12. Waterhouse AM, Procter JB, Martin DMA, Clamp M, Barton GJ (2009) Jalview Version 2 a multiple sequence alignment editor and analysis workbench. Bioinformatics. 25(9): 1189-1191. doi:10.1093/bioinformatics/btp033.
13. Koressaar T, Remm M (2007) Enhancements and modifications of primer design program Primer3. Bioinformatics 23(10): 1289-1291. doi:10.1093/bioinformatics/btm091.
14. Ye J, Coulouris G, Zaretskaya I, Cutcutache I, Rozen S, Madden TL (2012) Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics 13: 134. doi: 10.1186/1471-2105-13-134.
15. Owczarzy R, Tataurov A V, Wu Y et al (2008) IDT SciTools: a suite for analysis and design of nucleic acid oligomers. Nucleic Acids Res 36(Web Server issue):W163-169. doi:10.1093/nar/gkn198.
Article Sidebar
Đã đăng
Sep 27, 2024
Số tạp chí
Chuyên mục
Articles
Trích dẫn bài viết này
MỹT. N. (2024). Thiết kế in silico mồi và đầu dò cho phản ứng real-time PCR chẩn đoán và định type virus dengue tại Việt Nam. Journal of 108 - Clinical Medicine and Phamarcy, 19(7). https://doi.org/10.52389/ydls.v19i7.2466