ISSN: 1859 - 2872
Đánh giá sự biến động hệ vi sinh vật trong điều trị nội nha răng viêm quanh chóp mạn tính bằng giải trình tự thế hệ mới 16S rDNA metagenomics
Main Article Content
Keywords
Metagenomics, bơm rửa ống tuỷ
Tóm tắt
Mục tiêu: Mô tả thành phần và biến động hệ vi sinh vật (VSV) trong răng viêm quanh chóp mạn tính qua các giai đoạn điều trị nội nha. Đối tượng và phương pháp: Nghiên cứu theo chiều dọc trên 32 bệnh nhân có răng viêm quanh chóp mạn tính đến khám tại Bệnh viện Răng Hàm Mặt Trung ương Hà Nội từ tháng 4/2020 đến tháng 4/2021, được chia làm 2 nhóm: Nhóm I bơm rửa ống tuỷ bằng chloherxidine (CHX) 2% kết hợp natri hypochlorit (NaOCl) 3%; nhóm II bơm rửa ống tuỷ bằng NaOCl 3%. Lấy mẫu VSV trong lòng ống tuỷ răng, nghiên cứu 3 lần: Trước bơm rửa (S1), sau bơm rửa (S2), sau đặt thuốc 2 tuần (S3). Kết quả: Trong 96 mẫu nghiên cứu metagenomics: có 27 ngành, 467 chi vi sinh vật. Các chi vi sinh vật trội có xu hướng giảm dần ở 2 nhóm trong đó nhóm I có mức độ giảm các chi trội này cao hơn ở nhóm II. Kết luận: Sử dụng dung dịch sát khuẩn NaOCl kết hợp với CHX có thể loại bỏ vi sinh vật trên diện rộng, và làm thay đổi tỷ lệ vi sinh vật trong quần thể nhiều hơn NaOCl.
Article Details
Các tài liệu tham khảo
1. Tibúrcio-Machado CS, Michelon C, Zanatta FB, Gomes MS, Marin JA, Bier CA (2021) The global prevalence of apical periodontitis: A systematic review and meta‐analysis. Int Endod J 54(5): 712-735. doi: 10.1111/iej.13467.
2. Kim S (2010) Prevalence of apical periodontitis of root canal-treated teeth and retrospective evaluation of symptom-related prognostic factors in an urban South Korean population. Oral Surg Oral Med Oral Pathol Oral Radiol Endod 110(6):795-9. doi: 10.1016/j.tripleo.2010.07.004.
3. Siqueira JF Jr, Rôças IN (2013) Microbiology and treatment of acute apical abscesses. Clin Microbiol Rev 26(2): 255-273. doi: 10.1128/CMR.00082-12.
4. Dumani A, Yoldas O, Yilmaz S, Akcimen B, Seydaoglu G, Kipalev A, Koksal F (2012) In vitro susceptibility of E. faecalis and C. albicans isolates from apical periodontitis to common antimicrobial agents, antibiotics and antifungal medicaments. J Clin Exp Dent 4(1):e1-7. doi: 10.4317/jced.50593.
5. Tziafas D, Alraeesi D, Al Hormoodi R, Ataya M, Fezai H, Aga N (2017) Preparation prerequisites for effective irrigation of apical root canal: A critical review. J Clin Exp Dent 9(10): 1256.
6. Sakamoto M, Rôças IN, Siqueira JF Jr, Benno Y (2006) Molecular analysis of bacteria in asymptomatic and symptomatic endodontic infections. Oral Microbiol Immunol 21(2): 112-122.
7. Siqueira JF Jr, Rôças IN (2005) Uncultivated phylotypes and newly named species associated with primary and persistent endodontic infections. J Clin Microbiol 43(7): 3314-3319.
8. Andrews S (2010) FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data. Cambridge, United Kingdom.
9. Ewels P, Magnusson M, Lundin S, Käller M (2016) MultiQC: Summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report. Bioinformatics 32(19):3047-3048. doi: 10.1093/bioinformatics/btw354.
10. Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR et al (2019) Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat Biotechnol 37(8): 852-857. doi: 10.1038/s41587-019-0209-9.
11. Callahan BJ, McMurdie PJ, Rosen MJ, Han AW, Johnson AJ, Holmes SP (2016) DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods 13(7):581-3. doi: 10.1038/nmeth.3869.
12. Pruesse E, Quast C, Knittel K, Fuchs BM, Ludwig W, Peplies J, Glöckner FO (2007) SILVA: A comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB. Nucleic Acids Res 35(21):7188-7196. doi: 10.1093/nar/gkm864.
13. Quast C, Pruesse E, Yilmaz P, Gerken J, Schweer T, Yarza P, Peplies J, Glöckner FO (2012) The SILVA ribosomal RNA gene database project: Improved data processing and web-based tools. Nucleic Acids Res 41(Database issue):D590-6. doi: 10.1093/nar/gks1219.
14. Robeson MS 2nd, O'Rourke DR, Kaehler BD, Ziemski M, Dillon MR, Foster JT, Bokulich NA (2021) RESCRIPt: Reproducible sequence taxonomy reference database management. PLoS Comput Biol 17(11):e1009581. doi: 10.1371/journal.pcbi.1009581.
15. Demmer RT, Breskin A, Rosenbaum M, Zuk A, LeDuc C, Leibel R, Paster B, Desvarieux M, Jacobs DR Jr, Papapanou PN (2017) The subgingival microbiome, systemic inflamma- tion and insulin resistance: the oral infections, glucose intoler- ance and insulin resistance study. J Clin Periodontol 44: 255-265.
16. Marion JJC, Manhães FC, Bajo H, Duque TM (2012) Efficiency of different concentrations of sodium hypochlorite during endodontic treatment. Dental Press Endod 2: 32-37.
17. Silhavy TJ, Kahne D, Walker S (2010) The bacterial cell envelope. Cold Spring Harb Perspect Biol 2(5):a000414. doi: 10.1101/cshperspect.a000414.
2. Kim S (2010) Prevalence of apical periodontitis of root canal-treated teeth and retrospective evaluation of symptom-related prognostic factors in an urban South Korean population. Oral Surg Oral Med Oral Pathol Oral Radiol Endod 110(6):795-9. doi: 10.1016/j.tripleo.2010.07.004.
3. Siqueira JF Jr, Rôças IN (2013) Microbiology and treatment of acute apical abscesses. Clin Microbiol Rev 26(2): 255-273. doi: 10.1128/CMR.00082-12.
4. Dumani A, Yoldas O, Yilmaz S, Akcimen B, Seydaoglu G, Kipalev A, Koksal F (2012) In vitro susceptibility of E. faecalis and C. albicans isolates from apical periodontitis to common antimicrobial agents, antibiotics and antifungal medicaments. J Clin Exp Dent 4(1):e1-7. doi: 10.4317/jced.50593.
5. Tziafas D, Alraeesi D, Al Hormoodi R, Ataya M, Fezai H, Aga N (2017) Preparation prerequisites for effective irrigation of apical root canal: A critical review. J Clin Exp Dent 9(10): 1256.
6. Sakamoto M, Rôças IN, Siqueira JF Jr, Benno Y (2006) Molecular analysis of bacteria in asymptomatic and symptomatic endodontic infections. Oral Microbiol Immunol 21(2): 112-122.
7. Siqueira JF Jr, Rôças IN (2005) Uncultivated phylotypes and newly named species associated with primary and persistent endodontic infections. J Clin Microbiol 43(7): 3314-3319.
8. Andrews S (2010) FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data. Cambridge, United Kingdom.
9. Ewels P, Magnusson M, Lundin S, Käller M (2016) MultiQC: Summarize analysis results for multiple tools and samples in a single report. Bioinformatics 32(19):3047-3048. doi: 10.1093/bioinformatics/btw354.
10. Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR et al (2019) Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nat Biotechnol 37(8): 852-857. doi: 10.1038/s41587-019-0209-9.
11. Callahan BJ, McMurdie PJ, Rosen MJ, Han AW, Johnson AJ, Holmes SP (2016) DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods 13(7):581-3. doi: 10.1038/nmeth.3869.
12. Pruesse E, Quast C, Knittel K, Fuchs BM, Ludwig W, Peplies J, Glöckner FO (2007) SILVA: A comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB. Nucleic Acids Res 35(21):7188-7196. doi: 10.1093/nar/gkm864.
13. Quast C, Pruesse E, Yilmaz P, Gerken J, Schweer T, Yarza P, Peplies J, Glöckner FO (2012) The SILVA ribosomal RNA gene database project: Improved data processing and web-based tools. Nucleic Acids Res 41(Database issue):D590-6. doi: 10.1093/nar/gks1219.
14. Robeson MS 2nd, O'Rourke DR, Kaehler BD, Ziemski M, Dillon MR, Foster JT, Bokulich NA (2021) RESCRIPt: Reproducible sequence taxonomy reference database management. PLoS Comput Biol 17(11):e1009581. doi: 10.1371/journal.pcbi.1009581.
15. Demmer RT, Breskin A, Rosenbaum M, Zuk A, LeDuc C, Leibel R, Paster B, Desvarieux M, Jacobs DR Jr, Papapanou PN (2017) The subgingival microbiome, systemic inflamma- tion and insulin resistance: the oral infections, glucose intoler- ance and insulin resistance study. J Clin Periodontol 44: 255-265.
16. Marion JJC, Manhães FC, Bajo H, Duque TM (2012) Efficiency of different concentrations of sodium hypochlorite during endodontic treatment. Dental Press Endod 2: 32-37.
17. Silhavy TJ, Kahne D, Walker S (2010) The bacterial cell envelope. Cold Spring Harb Perspect Biol 2(5):a000414. doi: 10.1101/cshperspect.a000414.
Article Sidebar
Đã đăng
Jul 24, 2024
Số tạp chí
Chuyên mục
Articles
Trích dẫn bài viết này
LinhD. T. P., TrungN. V., & AnN. H. (2024). Đánh giá sự biến động hệ vi sinh vật trong điều trị nội nha răng viêm quanh chóp mạn tính bằng giải trình tự thế hệ mới 16S rDNA metagenomics. Journal of 108 - Clinical Medicine and Phamarcy, 19(4). https://doi.org/10.52389/ydls.v19i4.2248