ISSN: 1859 - 2872
Ứng dụng công cụ tin sinh AMROMICS vào phân tích tự động dữ liệu giải trình tự toàn bộ hệ gen vi khuẩn
Main Article Content
Keywords
Tóm tắt
Mục tiêu: Nghiên cứu kết quả bước đầu ứng dụng công cụ tin sinh AMROMICS trong phân tích tự động hệ gen của vi khuẩn kháng kháng sinh. Đối tượng và phương pháp: Phân tích toàn bộ hệ gen của 14 chủng vi khuẩn E. coli và chủng E. coli K-12 MG1655 được công bố trên cơ sở dữ liệu NCBI bằng công cụ tin sinh AMROMICS. Kết quả: Công cụ tự động phân tích toàn bộ hệ gen của 15 mẫu vi khuẩn trong thời gian ngắn, cùng lúc đưa ra kết quả về cấu trúc hệ gen, kiểu trình tự, gen độc lực, gen kháng với giao diện đơn giản và dễ sử dụng. Đa số các chủng nghiên cứu có thể là vi khuẩn đa kháng và mang gen kháng với các kháng sinh thông dụng như quinolone và aminoglycoside. Kết luận: Công cụ AMROMICS có tiềm năng ứng dụng trong lâm sàng để nhanh chóng xác định gen kháng kháng sinh và gen độc lực của vi khuẩn, trên cơ sở đó có thể ứng dụng trong điều trị và kiểm soát nhiễm khuẩn hiệu quả.
Article Details
Các tài liệu tham khảo
2. Nguyễn Thị Tuyền, Lê Nữ Xuân Thanh & Ngô Viết Quỳnh Trâm (2021) Tình hình kháng kháng sinh của các chủng E. Coli và đặc điểm gen mã hóa carbapenemase của các chủng E. coli kháng carbapenem phân lập được tại Bệnh viện Trường Đại học Y - Dược Huế. Tạp chí Y dược học 11.
3. Bộ Y tế, Việt Nam xuất hiện siêu vi khuẩn kháng tất cả kháng sinh, bác sĩ bất lực. Available at: https://moh.gov.vn/chuong-trinh-muc-tieu-quoc-gia/-/asset_publisher/7ng11fEWgASC/content/ viet-nam-xuat-hien-sieu-vi-khuan-khang-tat-ca-khang-sinh-bac-si-bat-luc. (Truy cập: 3rd June 2022)
4. Varughese LR et al (2018) Analytical profiling of mutations in quinolone resistance determining region of gyrA gene among UPEC. PLoS One 13.
5. Blot M, Meyer J & Arber W (1991) Bleomycin-resistance gene derived from the transposon Tn5 confers selective advantage to Escherichia coli K-12. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 88: 9112.
6. Blot M, Hauer B & Monnet G (1994) The Tn5 bleomycin resistance gene confers improved survival and growth advantage on Escherichia coli. Mol. Gen. Genet. 242: 595-601.
Article Sidebar
